二是涉农收费名目繁多，农民负担存在反弹隐忧。主要表现为农村义务教育“一费制”之外的乱收费，农民建房多收乱罚，婚丧、计划生育乱设项目、违规收费，有关部门或村组织向农民收取宅基地使用费及押金、建房管理费、建房基础设施配套费、代办审批手续费等乱收费、乱罚款，此外，强制农民筹资筹劳的现象有所显露。

　　三是制售假冒伪劣农资和哄抬农资价格的坑农害农案(事)件时有发生。据统计，仅今年1—5月，全国农业部门会同工商、公安部门依法查处的各类假劣农资违法案件2万多件，捣毁农资制假售假窝点1400多个，为农民挽回直接经济损失近7亿元。可见，农民利益受损甚巨。此外，2004年以来，农资价格一直呈上涨趋势。今年上半年，化肥、柴油等农资价格再次出现上涨，其中柴油价格上涨20％。这虽然有市场因素，但确有哄抬价格的问题在作怪。

　　四是支农惠农政策尚未完全落到实处。有些地方存在挪用、截留、克扣、侵占、贪污各种支农资金的行为。比如，在发放补贴款过程中，违规操作，强行把各种补贴款项用于抵顶农业税尾欠或者用于一事一议筹资。有的地方克扣村级的财政补助资金，弥补自身经费缺口，或者用于各种项目的配套资金，导致村级组织运转困难。

　　五是村级财务管理混乱，公开不到位。目前，全国尚有16％的村未建立民主理财小组，5％的村未实行财务公开，已实行财务公开的村近40％做法不规范。反映农村财务管理的问题已成为仅次于土地问题的上访热点。

　　六是损害农民的民主权利。比如，农民对征地占地、补偿安置等本该享有的知情权、参与权、监督权，以及参与基层管理的权利，缺乏有力的保障措施；有的进城务工农民遭受歧视，不能享受公平待遇等。

　　更为严重的是，一些地方因损害农民群众利益导致了群体性事件的发生，影响了经济发展和社会稳定。因此，我们对纠正损害农民群众利益工作的成效不能估计过高，对损害农民群众利益的严峻形势不能掉以轻心，对当前维护农民群众利益的艰巨任务不能有丝毫的懈怠，尤其要冷静分析产生问题的原因，才能有针对性地加以治理。这些问题的产生，既有长期以来农村矛盾交织积重难返的深层次原因，也有改革发展中难以避开的现实矛盾；既有政策执行层面的主观问题，也有法律法规不够完善的客观因素。

　　第一，农村基层干部依法行政意识淡薄，是产生问题的主观原因。当前，一些农村基层干部没有用科学的发展观和正确的政绩观来统领和推动工作，在思想观念和工作作风上存在诸多“不适应”：或错误地理解中央政策，将地方利益与中央政策对立起来，搞“上有政策，下有对策”；或急功近利，搞形象工程，对农民利益漠不关心，对农民呼声无动于衷；或思想观念落后，工作水平不高，造成决策失误，使农民的民主权利和经济利益受到损害；或工作方式简单，方法不当，导致干群关系紧张，甚至激化矛盾。

　　第二，与农民利益密切相关的法律法规体系不够健全，是产生问题的客观原因。以土地流转和征用过程中出现的问题为例。由于现行法律、法规、政策对土地权属及其实现形式规定不够明晰，土地承包管理制度不够完善，土地承包纠纷解决机制不够健全，使得在运用法规解决实际问题上很难操作。在土地征用问题上，虽然《土地管理法》规定，征用土地按照被征用土地的原用途给予补偿，但是按照这一补偿标准，农民被征用一亩土地所得的补偿费还不及城市居民一年的收入，相比较农民已有的经济基础和今后的需要，现有的补偿标准难以保证农民原有生活水平的保持和改善。因此，农民迫切要求尽快完善有关土地征用政策。

　　第三，改革的推进和配套措施的滞后，催化了农村长期积累的深层次矛盾。随着税费改革的推进，农村生产关系和利益分配格局已经发生重大调整，农村长期积累的矛盾也日渐尖锐地显现出来。特别是乡村两级可支配收入剧减，致使其提供公共产品和公共服务的能力明显下降，农村的一些公益事业和社会服务能力建设严重滞后。问题的症结并不在税费改革本身，而在于一些诸如教育体制、财政体制以及行政体制等配套改革措施没有及时有效地跟进，导致了农村税费改革“瘸腿”前行。因此，必须从根本上消除体制、制度方面的诸多障碍和痼疾。